تدور أحداث Homunculus حول رجل يُدعى ناكوشي سوسومو، يعيش حياة غامضة بين عالمين؛ ليس غنيًا ولا فقيرًا، بل عالق في منطقة رمادية نفسيًا واجتماعيًا.

تبدأ القصة عندما يقابل طالب طب غريب الأطوار يُجري عليه تجربة تُعرف باسم “التريبانينغ” (ثقب الجمجمة)، وهي تجربة يُقال إنها توسّع الإدراك البشري. بعد خوض هذه التجربة، تبدأ حياة ناكوشي في التغير بشكل مخيف وغير متوقع.

يكتشف ناكوشي أنه أصبح قادرًا على رؤية “تشوهات” غريبة داخل الناس، تعكس أعماقهم النفسية ومشاكلهم الداخلية، لكن هذه القدرة تفتح له بابًا لعالم معقد ومظلم، حيث يبدأ في مواجهة نفسه قبل أي شخص آخر.